ڊيزائن اسڪيم ۽ پوليپيپائيڊ پيپٽائڊ زنجير جو حل

I. خلاصو
Peptides خاص macromolecules آهن جيئن ته انهن جون ترتيبون انهن جي ڪيميائي ۽ جسماني خاصيتن ۾ غير معمولي آهن.ڪجھ پيپٽائڊس ٺاھڻ ۾ مشڪل آھن، جڏھن ته ٻيا نسبتاً آسان آھن synthesize پر صاف ڪرڻ مشڪل.عملي مسئلو اهو آهي ته اڪثر پيپٽائيڊس پاڻيءَ جي محلولن ۾ ٿورڙا حليل هوندا آهن، تنهن ڪري اسان جي صفائيءَ ۾، هائيڊروفوبڪ پيپٽائيڊ جو لاڳاپيل حصو غير آبي محلولن ۾ حل ٿيڻ لازمي آهي، تنهن ڪري، اهي محلول يا بفر استعمال ڪرڻ سان سختيءَ سان مطابقت نه رکندا آهن. حياتياتي تجرباتي طريقيڪار جي، ته جيئن ٽيڪنيشين کي سختي سان منع ٿيل آهن پيپٽائڊ کي پنهنجن مقصدن لاءِ استعمال ڪرڻ کان، پوءِ تحقيق ڪندڙن لاءِ پيپٽائيڊس جي ڊيزائن جا ڪيترائي پهلو هيٺيان آهن.

ڊيزائن اسڪيم ۽ پوليپيپائيڊ پيپٽائڊ زنجير جو حل
ٻيو، synthetic ڏکيو peptides جو صحيح انتخاب
1. هيٺيون ترتيب ڏنل ترتيبن جي ڪل ڊگھائي
15 کان گهٽ رهجي ويل پيپٽائيڊس حاصل ڪرڻ آسان آهن ڇاڪاڻ ته پيپٽائيڊ جي سائيز وڌي ٿي ۽ خام پيداوار جي پاڪائي گهٽجي ٿي.جيئن ته پيپٽائيڊ زنجير جي ڪل ڊگھائي 20 باقين کان وڌي ٿي، پراڊڪٽ جي صحيح مقدار هڪ اهم تشويش آهي.ڪيترن ئي تجربن ۾، غير متوقع اثر حاصل ڪرڻ آسان آهي 20 کان هيٺ رهائش واري نمبر کي گهٽائڻ سان.
2. هائيڊروفوبڪ رهجي ويلن جو تعداد گھٽايو
هائيڊروفوبڪ ريزيديوشن جي وڏي پيماني تي پيپٽائڊس، خاص طور تي سي-ٽرمينس کان 7-12 واري علائقي ۾، عام طور تي مصنوعي مشڪلاتن جو سبب بڻجن ٿا.اهو هڪ غير مناسب ميلاپ جي طور تي ڏٺو ويو آهي خاص طور تي ڇاڪاڻ ته هڪ B-fold شيٽ جي جوڙجڪ ۾ حاصل ڪئي وئي آهي."اهڙين حالتن ۾، اهو ڪارائتو ٿي سگهي ٿو ٻن کان وڌيڪ مثبت ۽ منفي باقيات کي تبديل ڪرڻ، يا پيپٽائڊ جي جوڙجڪ کي انلاڪ ڪرڻ لاء پيپٽائڊ ۾ گلي يا پرو رکڻ لاء."
3. ”مشڪل“ باقين جي گھٽتائي
"ڪيترن ئي Cys، Met، Arg، ۽ Try Residues آھن جيڪي عام طور تي آساني سان ٺھيل نه آھن."سر عام طور تي استعمال ڪيو ويندو غير آڪسائيڊيوٽ متبادل طور تي Cys.
ڊيزائن اسڪيم ۽ پوليپيپائيڊ پيپٽائڊ زنجير جو حل

ٽيون، پاڻي ۾ حليل جي صحيح چونڊ کي بهتر
1. اين يا سي ٽرمينس کي ترتيب ڏيو
تيزابي پيپٽائڊس جي نسبت (يعني pH 7 تي ناڪاري طور تي چارج ٿيل)، acetylation (N-terminus acetylation، C ٽرمينس هميشه هڪ آزاد ڪاربوڪسيل گروپ کي برقرار رکندو آهي) خاص طور تي منفي چارج کي وڌائڻ جي سفارش ڪئي وئي آهي.جڏهن ته، بنيادي پيپٽائڊس لاءِ (يعني پي ايڇ 7 تي مثبت طور تي چارج ٿيل)، ايمينيشن (مفت امينو گروپ اين-ٽرمينس تي ۽ ايمينيشن سي-ٽرمينس تي) خاص طور تي مثبت چارج وڌائڻ جي سفارش ڪئي وئي آهي.

2. ترتيب کي تمام گھڻو ننڍو يا ڊگهو ڪريو

ڪجهه تسلسلن ۾ وڏي تعداد ۾ هائيڊروفوبڪ امينو اسيد شامل آهن، جهڙوڪ Trp، Phe، Val، Ile، Leu، Met، Tyr ۽ Ala وغيره. جڏهن اهي هائيڊروفوبڪ رهجي ويل 50 سيڪڙو کان وڌي وڃن ٿا، انهن کي عام طور تي ڦهلائڻ آسان ناهي.اهو ڪارائتو ٿي سگهي ٿو ته تسلسل کي ڊگهو ڪرڻ لاءِ اڳتي وڌڻ لاءِ پيپٽائڊ جي مثبت ۽ منفي قطبن کي.ٻيو اختيار اهو آهي ته پيپٽائڊ زنجير جي سائيز کي گهٽايو وڃي ته جيئن هائيڊروفوبڪ ريزيديز کي گهٽائي مثبت ۽ منفي قطبن کي وڌايو وڃي.پيپٽائڊ زنجير جي مثبت ۽ منفي پاسن کي مضبوط، وڌيڪ امڪان اهو آهي ته اهو پاڻي سان رد عمل آهي.
3. پاڻيء ۾ گھلڻ واري رهائش ۾ وجھو
ڪجهه peptide زنجيرن لاء، ڪجهه مثبت ۽ منفي امينو اسيد جو ميلاپ پاڻي جي حل کي بهتر بڻائي سگهي ٿو.اسان جي ڪمپني سفارش ڪري ٿي ته N-terminus يا C-terminus acidic peptides کي Glu-Glu سان گڏ ڪيو وڃي.بنيادي پيپٽائيڊ جو N يا C ٽرمينس ڏنو ويو ۽ پوءِ Lys-Lys.جيڪڏهن چارج ٿيل گروپ رکي نه ٿو سگهجي، Ser-Gly-Ser پڻ N يا C ٽرمينس ۾ رکيل هجي.بهرحال، اهو طريقو ڪم نٿو ڪري جڏهن پيپٽائڊ زنجير جي ڪنارن کي تبديل نٿو ڪري سگهجي.